冷庫的庫房是進行食品冷加工和長期存放食品的地方，庫房的衛生管理工作，是整個冷庫衛生管理的中心環節。
在庫房內，霉菌較細菌繁殖得更快些，并極易侵害食品。因此，庫房應進行不定期的消毒工作，運貨用的手推車以及其他載貨設備也能成為微生物污染食品的媒介，應經常進行清洗和消毒。庫內冷藏的食品不論是否有包裝，都要堆放在墊木上。墊木應刨光，并保持清潔。墊木、小車以及其他設備，要定期在庫外沖洗、消毒。可先用熱水沖洗，并用2%濃度的堿水(50℃)除油污，然后用含有效氯0.3%~0.4%的漂白粉溶液消毒。加工用的一切設備，如秤盤、掛鉤、工作臺等，在使用前后都應用清水沖洗干凈，必要時還應用熱堿水消毒。冷庫內的走道和樓梯要經常清掃，特別是在出入庫時，對地坪上的碎肉等殘留物要及時清掃，以免污染環境。
